Одной из трагедий, которая привела к тому, что Брюс Уэйн стал Бэтменом, было убийство его родителей, свидетелем которого он стал. С тех пор Уэйн жил одной лишь мыслью о мести. Но его многочисленные попытки все же оставались безрезультатны. К тому же Уэйн попадает в тюрьму, откуда его освобождает таинственный человек, который взамен ставит условие - пройти обучение у опасного и благородного главы культа ниндзя Ра Ал Гуля (Кен Ватанабе).

После обучения Уэйн возвращается в родной Готэм Сити и видит его погрязшим во власти преступности и отдельных опасных личностей, бесцеремонно манипулирующих государственной системой в своих интересах. Потом он понимает, что стал объектом мошенничества с компанией "Уэйн Индастрис", которую унаследовал от родителей, а также узнает о тайной пещере под своим особняком. Так ему приходит мысль о возможности стать новым человеком, одно упоминание о котором будет вселять страх в сердца нехороших парней. Он становится Бэтменом.

В новом обличии и при поддержке честного полицейского Джеймса Гордона (Гэри Олдмэн), Бэтмен начинает борьбу против могущественных городских преступников, среди которых мафиози дон Фальконе (Том Уилкинсон), доктор и наркоторговец в одном лице Джонатан "Пугало" Крэйн (Силлиан Мерфи), а также загадочный третий противник, который хорошо знает Уэйна, но остается в тени, выжидая удобного момента для нанесения решающего удара.