"Код 46" - это история любви, действие которой разворачивается в недалеком будущем, когда города оказываются под тотальным контролем властей и попасть в них становится возможным лишь через специальные пропускные пункты. Люди не имеют возможности путешествовать, если у них нет специального разрешения. За пределами городов господствует пустыня среди которой разбиты убогие поселения тех, кто не имеет разрешений на въезд в города и потому не могут считаться гражданами. Все эти люди оказались в положении бесправных изгоев. Уильям (Тим Роббинс) имеет семью и работает следователем по вопросам доступа в города. Однажды он получает задание отправиться в один из городов, чтобы разобраться в случае с поддельным разрешением на въезд и знакомится там с женщиной по имени Мария (Саманта Мортон). И хотя Уильям знает, что она подделала разрешение он безумно влюбляется в Марию, после чего решает скрыть ее преступление. Между ними начинается бурный роман, который однако ограничен временем действия пропуска Уильяма: 24-мя часами. Вернувшись домой, Уильям никак не может забыть Марию. Он хочет найти ее, но получает отказ в получении пропуска для въезда в город, где она живет. В отчаянии он решает использовать поддельное разрешение, которое он изъял во время одного из своих расследований. В конце концов он находит Марию и узнает, что ее обвиняют в преступлении по Коду 46...